一、控温介质选择
根据所需要的反应温度，选择不同性质的控温介质，作为反应的热量传播介质。低温，选择冰乙醇浴;常温，选择水浴;高温，选择油浴。使用低温或者高温时，注意选择合适的介质，关键在于黏度。黏度太大介质，循环泵可能带不动，介质循环效果不好，无法达到需要的控温效果。贸然更换大功率的循环泵，压入介质压力过大，易损坏双层玻璃反应釜内衬，反应釜破裂。通常厂家也会根据自己的产品，配套相应的加热介质供选择。
二、保温介质
由于双层玻璃反应釜中间的夹层厚度较小，因此，所具有的保温性能较差。使用高温、低温过程中，均需要使用保温材料对釜体进行保温保护。对于反应釜的釜体以及导液的管子均需要用保温材料包裹，并且注意保温层的厚度，以保证具有较好的保温效果。
三、加料注意事项
双层玻璃反应釜为独立的反应架子，不像工业反应釜有反应台架，并且预留加料口较小，因此，加料过程比较困难。双层玻璃反应釜一次性投料量不宜过大，根据反应的温度，回流以及压力，进行评估，加入适宜的用料量。一般，不宜超过釜体的2/3。
四、存放位置
双层玻璃反应釜作为反应放大试验装置，体积通常为50 - 150L，特定情况体积可以定制，因此，试验的规模不容小觑。由于釜体为玻璃材质，不锈钢为支架且架脚为脚轮，故存放位置需要慎重选择。脚轮虽然可以有脚扣固定，但是稳定性不强。因此，存放中注意选择平坦的地方、平放、保持机械搅拌中心与反应釜一致，否则易摇晃不稳，出安全事故。双层玻璃反应釜的釜体高度1.5m左右，加上直上的冷凝管，整体反应釜为2m左右。一般的落地通风厨无法安放，但必须放置在通风位置好的场所。
除了以上注意事项以外，用户在平时的使用过程中，也需要定时对双层玻璃反应釜维护保养，保证设备的寿命，减少企业成本。